Реестр участников накопительно ипотечной системы представляет собой перечень участников НИС. Его формирует федеральный орган исполнительной власти, если в данном органе законодательно предусмотрена военная служба. В реестре каждому участнику присваивается уникальный номер, состоящий из двадцати цифр.
В реестр накопительно ипотечной системы соответствующая запись (о включении в него нового военнослужащего) вносится не позднее десяти дней с момента подачи документации.
Военнослужащие в реестр могут включаться как в добровольном, так и обязательном порядке (автоматически). Все участники распределяются по категориям, каждой из которых соответствует особое цифровое обозначение (код из двух цифр).