Федеральное управление накопительно ипотечной системы, или по-новому ФГКУ «Росвоенипотека», осуществляет общий контроль и координацию всех выплат в системе. В регионах существуют филиалы ФГКУ.
Среди функций федерального управления находится не только учет накоплений финансовых средств на счетах участников, но и их выдача в случае необходимости. Росвоенипотека организует доверительное управление финансами, предназначенными для жилищного обеспечения. Управление накопительно ипотечной системы распространяется и на взаимодействие с кредитными организациями, органами государственной регистрации, а также продавцами жилья. Словом, именно ФГКУ отвечает за правильность и своевременность проведения платежей и начислений в рамках военной ипотеки.
Кроме того, ФГКУ проводит информационно-разъяснительную работу, в том числе, информирует военнослужащих о рынке жилья.