Ипотечный кредит, выданный банком по программе «Военная ипотека», необходимо погасить за счёт целевого жилищного займа, который предоставляется военнослужащему государством.
Ежемесячный платёж по кредиту вначале перечисляется на личный счёт военнослужащего, а затем списывается на погашение кредита. При этом участник накопительно-ипотечной системы может не вмешиваться в данный процесс реализации программы «Военная ипотека». Досрочное погашение кредита также возможно. Если военнослужащий не хочет ждать 20 лет, чтобы деньги из разряда целевого жилищного займа перешли в разряд безвозмездных субсидий и таким образом был закрыт кредит, то он может погасить ипотечный кредит самостоятельно.
Досрочное погашение военной ипотеки производится с помощью собственных накоплений, за счёт средств, которые были начислены федеральным органом в том случае, если у участника накопительно-ипотечной системы есть права на дополнительные выплаты, а также за счёт денег материнского семейного капитала.